1、这个问题直接找员工说明情况，让他退回即可，相信员工会理解的；2、公司扣除员工工资，要看看这个《工资支付暂行规定》第十六条规定因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。