一般来说，申请办理“停薪留职”的员工，用人单位都应与其在平等协商一致的前提下，在不损害第三方利益及不违法国家强制性规定的基础上，签订《停薪留职协议》，并做为《劳动合同》或者《聘用合同》的附件。用人单位与员工协商的主要内容为，协议期间双方的劳动权利与义务暂停。具体可能包括：第一，工资待遇问题。在停薪留职期间停发工资、奖金和各种津贴、补贴(包括房贴)等，本人标准工资作为档案工资保留。第二，劳保福利待遇问题。职工在停薪留职期间，不享受用人单位的各种福利待遇、劳保津贴和劳动保护用品。第三，工龄计算问题。职工在停薪留职期间，应按月向用人单位缴纳社会保险费等。缴纳费用包括个人和企业缴费，标准按照用人单位员工平均缴费基数核定。职工停薪留职期间或期满后回原单位工作符合退休年龄时，由原单位办理退休手续。第四，工伤事故处理问题。职工在停薪留职期间被其它用人单位雇用的，正常死亡或伤亡或发生伤亡事故，由雇用单位负责处理，造成丧失劳动能力或死亡的，其各项费用由雇用单位负责。第五，职工在停薪留职合同期满要求继续停薪留职的，应在合同期满前向用人单位申请，经批准后续订停薪留职合同;如在合同期满后又未办续订手续的，15天内不回用人单位报到的，用人单位可以除名。第六，职工在停薪留职期间被司法机关送去劳动教养、被判刑的，用人单位可以按辞退或开除处理。