《劳动合同法》第9条规定：用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证或其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。虽然并未对培训时取得的证书作规定，但公司可通过培训制度来补充。比如签订培训协议或补充协议，得到员工本人的认可，公司可以代为保管。约定员工离职或转岗时可以支付一定的违约金，但不得以任何理由扣押，虽然在实际操作中，很多公司会这样做，却是不合法的。这里可以和员工本人沟通协商，了解一下员工的真实目的，比如可以给员工复印件，比如约定离职时退还等等。