可以有以下二种办法。1、详细解释。说明公司不提倡请假，所以用扣更多的方法来处理。当然，加班基本和请假扣薪基数最好通过工会或职工代表会议，如果可以到劳动部门备案去，则更好，以免届时员工仲裁时有充足理由。2、二者统一。请假、加班的基数进行统一，可能会导致加班费与加班时间不对等的情况，其实，还可以考虑将餐补、车补、住宿等补贴算进来，只不过后来用扣除的方式来处理，因为员工是消费了的。