因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。注意以下要点：第一，劳动合同中有约定的情形；第二，公司制度通过工会，合法；第三，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。由此三点才能与以下法规不完全冲突（结果由仲裁或法庭判定（民事诉讼））。综上所述，依你们公司现在情形来看，建议不要扣工资，胜诉概率太低了。